日本海军的主要军港都位于经济发达、人口稠密的九州岛和本州岛上，如佐世保军港位于九州岛的长崎县、横须贺军港位于本州岛的东京湾、吴军港位于本州岛的广岛县等等。
其中，佐世保军港与朝鲜半岛只隔着对马海峡和朝鲜海峡，距离朝鲜半岛南部港口城市釜山仅50公里，日海军半数以上的主力舰艇平时都停泊在这里。该港和离此不远的吴军港都在北宁陆航和海航战机的打击范围内，因此遭致了最为猛烈的海空联合打击。
而横须贺军港位于本州岛东南面，面向太平洋，与朝鲜半岛隔着日本海，超出北宁陆航和海航战机的打击范围，因此只能由北宁海军潜艇部队单独实施攻击。所以，在横须贺军港外围海域集中了16艘最新的“蛟龙”级改进型“蛟龙-乙”型潜艇，以增强打击威力。
早已在指定作战海域隐蔽完成集结并潜伏在水下严阵以待的北宁海军32艘“蛟龙”级以及改进型“蛟龙-甲”、“蛟龙-乙”型潜艇在库页岛登陆作战行动开始前2个小时便向各个日军军港内的猎物发起了水下突袭。
这一精心准备了2年之久的突袭行动在日海军毫无防备的情况下取得了巨大成功——在各处指定作战海域已经潜伏待命了3到8天不等的北宁海军各艘潜艇悄然从水下突入日军军港内，其发射的“鱼叉”鱼雷对港内那些拥挤在一起的静止目标取得了惊人的超过70%的命中率！32艘潜艇总共携带了576枚鱼雷，除去因技术故障、操作失误等因素没有发挥效果的以外，计有近4百枚鱼雷命中目标，一举摧毁了日海军主力，而这些潜艇都安全撤离了战区，毫发未损！
但情况还不止于此，更为糟糕的是，天亮后，大批北宁陆军航空兵的“天鹰”侦察/攻击机和海军航空兵的“海鹰”水上飞机从济州岛、釜山等地飞临已是烈焰冲天、一片狼藉的战区，各机机腹舱门大开，冰雹般的炸弹从天而降，猛烈的空中打击又开始了！
潜艇攻击过后，港内日舰大部分都已是东倒西歪、烈火熊熊了。当空中打击开始时，有几艘没有熄火的日舰加大发动机功率意欲突围出港，但升温缓慢的蒸汽机迟迟无法制造出足量的高温蒸汽，难以使日舰在短时间内达到所期望的航速，只能慢吞吞地向港外挣扎，但却在终于航行到港口出口时触发了北宁海军潜艇在撤离时布设的水雷，全部被炸瘫在港口出口处，更彻底的堵塞了港口出口。
随着时间的推移，港中所有日舰都将躲不过被摧毁的厄运。
拥有重炮厚甲的日海军蒸汽动力战舰虽然在与当代各国海军水面舰艇作战时优势明显，但其舰炮均为平射炮，没有防空能力，对来自空中的攻击束手无策，只能瞪眼挨揍。残存的几艘尚能行动的日舰左躲右闪、苟延残喘，但灵活快速的“天鹰”和“海鹰”战机采用多架战机分多个方向同时对1艘日舰发动攻击的战术，让日舰根本无法躲避，况且港口已被封死，日舰无法出海，在狭小的港中机动范围有限，致使其连连中弹！而且这些战机连已经被击沉在港中、尚在水面上露出半截子的日舰也不放过，直至用炸弹将这些日舰彻底炸毁才会离去。
接下来，“天鹰”和“海鹰”战机将打击目标转向佐世保和吴港的大型海军造船厂、岸炮阵地、弹药库、物资集散地、军营等军事设施，攻击连续不断，岸炮阵地遭到轰炸后，储存着大量大口径炮弹弹丸和发射药包的弹药库被引爆，山崩地裂一般的爆炸几乎立刻就将整个港口夷为平地，黑红的火焰飞腾数百米高，烟柱直冲到上千米的高空…